出力したファイルのサイズが大きすぎます。空き容量を節約ために出力ビデオを小さくする方法はありますか。

ファイルサイズはファイルの解像度とビットレート、フレームレートなどで決まります。これらのパラメーターを調整して小さくしてみてください。パラメーターの値をさげれば出力されるファイルサイズは小さくなりますが、その分画質は悪くなります。
出力したファイルを何に利用するかにより、最適なファイルサイズは異なりますので何回かトライ&エラーを繰り返し、最適な値をご確認ください。